Unter Mattenfilter versteht man eine eingebaute Filtermatte, die für die biologische Filterung zuständig ist. Das Wasser wird mittels Luftheber oder elektrischer Pumpe durch die Matte befördert, so dass das Wasser den Weg zurück durch die Matte nehmen muss. Darin angesiedelte Bakterien eledigen die Filterarbeit.

Eine praktische Einbauart stellt der Eckmattenfilter dar. Die Filtermatte wird gebogen in eine Ecke eingeklebt. Eckprofile verhindern ein verrucken der Matte. Die einfachste Art ist wenn die Filtermatte auf eine Wandgrösse zugeschnitten wird und einfach eingklemmt wird. Je grösser die Oberfläche desto stärker sollte die Pumpleistung sein, um eine genügend grosse Anströmgeschwindigkeit zu erhalten.

Im Garnelenaquarium ist der Luftheber die optimalste Lösung. Sollten junge Garnelen eingesaugt werden, können sie keinen Schaden erleiden. Bei elektrischen Pumpen ist eine feine Filtermatte zu verwenden oder ein Strumpf um die Wasseransaugung anzubringen. Für den Luftheber kann auch die grobe oder mittlere Filtermatte verwendet werden. Die Standzeit ist bedeutend länger. Junge Garnelen gehen gern in die Matte und finden dort Mulm und Futterreste.